W XIII stuleciu klasztory w Polsce uzyskały egzempcję (wyjęcie) spod władzy miejscowych biskupów. Podlegały odtąd własnym władzom zakonnym, znajdującym się z reguły na zachodzie Europy. Karne i zdyscyplinowane zakony były — zarówno w Polsce, jak i gdzie indziej — oparciem dla polityki papieskiej. Na Śląsku i Pomorzu klasztory franciszkanów stały się ośrodkiem wpływów niemieckich. W rezultacie franciszkanie śląscy odłączyli się od prowincji zakonnej polskiej i przyłączyli do prowincji saskiej, co im ostro wypomniał arcybiskup gnieźnieński Jakub Świnka, gorący orędownik praw narodowości polskiej w Kościele.

Największy wpływ w polskim monastycyzmie uzyskali cystersi, którzy już w 1140 r. założyli pierwsze opactwo w Jędrzejowie i rychło rozbudowali szeroką sieć klasztorów w całej Polsce. Większość cystersów stanowili obcokrajowcy, głównie Niemcy i Francuzi. W niektórych klasztorach bywało po jednym zakonniku Polaku (dla kontaktu z miejscową ludnością — egzekwowanie powinności), w innych w ogóle wzbraniano Polakom dostępu do zakonu. Zakonnicy cysterscy nie pracowali sami, jak nakazywała im reguła, lecz utrzymywali się z pracy tzw. konwersów, którzy nie składali ślubów zakonnych, oraz ludności zależnej, osiadłej w dobrach klasztornych. Klasztory, jak i biskupstwa, miały rozległe dobra ziemskie, a ich opaci swoją pozycją dorównywali możnowładcom.